从某种意义上来说，肖碧莲对辅助生殖及其伦理问题的重视，表征了她在构建生殖健康大学科上的眼光和努力。从国际潮流到国内需求，在肖碧莲的头脑中，生殖健康这个范围广泛的新概念已经成了一个关键词。她在《生殖医学杂志》上刊发经她审阅的关于“reproductive health”译法的文章，在第二届全国不育症研讨会上作专题报告介绍联合国人口基金、世界卫生组织、中国国家人口和计划生育委员会（原国家计划生育委员会，2003年更名）提出的生殖健康规划。

在肖碧莲主持操办下，国际生殖内分泌系列学术会议的内容也逐渐拓展。在1997年第三届生殖内分泌国际会议上，她邀请王一飞（时任世界卫生组织人类生殖研究特别规划署官员）作了题为《生殖健康的整体观念和WHO的研究规划》的报告。在报告中，王一飞介绍了迪克斯法鲁西教授对生殖健康含义的归纳，即生殖健康包括：“达到妇女平等地位；普遍获得计划生育；促进孕产安全和适当的产前保健；防止不安全流产；处理生殖道感染/HIV/艾滋病及不育症；促进母婴的适合营养；婴儿和儿童保健；对青少年的性和生殖健康教育；促进健康和安全的性活动并去除有害的行医和获取保护生殖健康的环境和工作条件”。生殖健康被认为是“健康发展的一个主要领域”，“各种生殖事件，包括性关系，不仅仅是生理的表达，也反映了深层的情感，而且具有心理和社会的重要意义”。因此，生殖健康是多学科、跨学科的，涉及的范围非常广泛。

生殖健康涵盖整个生命历程，针对青少年的性教育不可或缺。199年4月23日，国家计生委科研所在北京召开“避孕与性教育”研讨会，在发表于《生殖医学杂志》的会议纪要中，肖碧莲写道：

本次研讨会最大的特点是将避孕与性教育两个不同学科-生物医学和社会医学的内容结合在一起，符合当前提出的生殖健康的需要。性教育，尤其是对青少年的性教育，预防STDs/HIV/AIDS和安全性行为的宣传教育与避孕和安全流产是可以有机结合的。会议提示我们生物医学和社会医学工作者必须紧密联系，相互交流相关知识、取长补短，方能更全面的为育龄夫妇、青少年提供生殖健康服务。

从计划生育到生殖健康的转变，是价值观念、医学模式和学科发展上的一个重要突破。在中国的7个世界卫生组织人类生殖研究合作中心里，肖碧莲是完成这一跨越的先行者。从单纯研究计划生育的基础理论和技术手段，扩展为一个生殖健康大学科，即在生殖健康的概念下，把不孕不育、妇幼卫生、生殖道感染、流行病学、社会科学、伦理学、性健康教育都包括了进来，可以说是“从摇篮到坟墓”。这一趋势在1993年肖碧莲等主编的《计划生育技术手册》中就已初露端倪。该书不仅仅限于通常理解的避孕节育，还涵盖了生殖生理、不孕不育、性教育、优生优育等方面的内容。际上，肖碧莲在20世纪90年代就不断指出，国家计划生育委员会科学技术研究所应该重新定位和命名，应该改称国家生殖健康研究所，这样才能更好地与国外交流和接轨。科技工作者关注的是安全有效的生殖调控，范围包括避孕、生育和节育，即为人们在生殖方面的自主选择提供科学理论和技术手段。建议更名反映出肖碧莲对健康是一项基本人权这一原则的认可，以及保护和促进国人生殖健康的承诺。

基于肖碧莲的视野、格局和协调能力，以及国家计生委科研所的平台作用，在构建生殖健康大学科的同时，她很好地把国内相关领域的专家组织了起来，在科研、会议、出版等方面群策群力。有些大专家自身科研做得很好，但是在组织方面要弱一些。而肖碧莲的影响力远远大于一个科学研究所之限，成为中国生殖健康领域的领军人物。