1949年11月，中国科学院成立，先接管位于西直门外西郊公园内由刘慎谔领导的北平研究院植物学研究所，后接管位于文津街由胡先骕领导的静生生物调查所，并将两所合并，中科院任命钱崇澍为植物分类研究所所长，但在合组之时，其在上海，尚未到任。实际主持者是副所长吴征镒，另有张肇骞、林镕协助，后不久此两位协助者也被任命为副所长。

1950年3月初，柳树刚露新绿，王文采接到调到植物分所通知后，毫无眷顾地离开北京师范大学。他说有些手续都没有办理，卷起铺盖就走了，可见他对师大之厌倦。王文采到植物所报到上班第一天，先在所长办公室拜见其老师林镕先生。恰巧简焯坡从科学院来到所里，林镕便问他王文采的工资如何发。简焯坡说：大学毕业后工作算助理员，应发小米400斤，折合成后来的人民币大约有五六十元。入所之后，王文采遵照胡先骕所嘱，研究紫草科。此时研究所为消弭静生生物调查所和北平研究院植物学研究所之间的门户之见，吴征镒决定集体编写《河北植物志》。王文采在此志中承担紫草科任务，另外还承担了茜草科。为了编写此志，需要采集早春开花的植物标本，王文采也承担此项采集工作。当年4月初，即和真菌学家赵继鼎、标本馆管理员韩树金到房山县上方山采集，采到正在开花的槭叶铁线莲、北京忍冬等植物。6月，王文采又和赵继鼎、标本馆的徐连旺到百花山采集。王文采在师大时，虽然自行到郊外采集标本，但那只是一种兴趣，并未遇见野外特殊情况，积累采集经验。此次采集，即遇见不曾遇见之问题。9月，黎盛臣、汤彦承、冯家文新自大学毕业，分配到植物所工作。王文采又和他们及真菌学家杨作民再次到百花山采集。第二年4月下旬，王文采与生态室的李世英以及赵继鼎、冯家文四人到小五台山采集，采得正在开花的银莲花、五福花、胭脂花等。1951年9月，他又与标本馆的张敬、植物园的张福寿到密云县雾灵山、兴隆县六里坪子采集。

在王文采入植物所之初，主要为《河北植物志》编写采集标本。此后，该书的编写不了了之，未能见到应有之成绩。在此期间，全国自然科学工作者代表会议于1950年8月18日在北京召开，王文采被植物所派出担任会议工作人员。会后，中国科学院计划局和植物分类研究所利用京外一些植物分类学家来京参加该会之机，并邀请北京一些高校生物系教授，于8月26日至9月1日联合召开了植物分类学专门会议，会议主题是研究中国植物分类学研究方针及计划，将编纂《中国植物志》这项总目标交由会议讨论。

这两次会议使王文采见到许多中国科学界的精英，让其看到了中国植物学事业的整体风貌，并结识京外一些专家，知悉中国植物学主要任务是编纂《中国植物志》。其后，王文采研究工作在前辈指导之下，即围绕此而展开，他的大多时光付之于此。