1956年，陈吉余积极响应国家“向科学进军”的号召，完成了关于对长江口研究具有里程碑意义的重要论文《长江三角洲江口段的地形发育》，并开始担任中科院地理研究所河口小组的组长。次年，他在华东师范大学创立了中国第一个河口海岸研究机构——河口研究室。

1961年，陈吉余完成了《论部门地貌学的发展途径——以河口、海岸地貌为例》一文，为构建了动力、沉积与地貌相结合的中国河口海岸学科体系开启了新的探索，在传统地貌学和水利学之间加了一条“凳子”，引起学术界强烈反响。在他的努力下，河口研究室不断发展，成为河口海岸动力沉积与动力地貌综合国家重点实验室。

上世纪八十年代陈吉余在河口海岸研究所办公室的工作照

进入20世纪后，耄耋之年的陈吉余依旧放不下对我国河口海岸发展的关注。“长江的泥沙资源丰富，那么谁来协调长江河口泥沙资源的利用?现在缺乏统一的管理，带来了很多不确定的因素。”这一现象使老人忧心忡忡。

陈吉余认为，“虽然，长江河口有其特殊性，只要我们认真科学地进行调查研究，充分做好前期工作，以我国的研究实力和经济科技实力，完全能更好地保护和利用好长江河口水下三角洲成陆发展这一功在当代利在千秋的大事。”基于这些考虑，他在2011年初率先提出了长江口亚三角洲的概念。这一概念若付诸实践，将极大地缓解上海土地资源、港口资源的紧张，丰富上海未来发展的战略空间。

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